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Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已表示出宽泛的生物工程生物，还包括抗癌肿和抗虫毒影响。一般而言，三萜是凭借甲羟戊酸路经人工的，并从具有花草和病菌中生成。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上撤稿了名为“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的论述论文范文。该论述发现三萜类单质虫草酸（GA）是采用全自动培养出的无柄虫草菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的生物制品的工艺被转化发生了的。用转录组和淀粉酶质组学的工艺下一步骤探寻无柄虫草菌丝体中DHT发生了两类虫草酸（GA）的制度化，并跟据两组学的工艺查重到的不同基因组和不同淀粉酶，猜测DHT 生物制品的工艺制作而成 GA 的路线。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录类物质析和基本功能类型

来对无柄灵芝粉病菌菌丝体来转录组测序共的67230个转录本和1429七个单遗传表观遗传遗传。在许多单遗传表观遗传遗传中，49二个被鉴别为不同表答遗传表观遗传遗传（DEGs），在这表中213个表答调涨，279个表答下降（图1A）。GO丰度具体剖析后，DEGs包含生物技术步骤（BP）、受损体细胞成份（CC）和团伙技能（MF）3类。在BP品类中，发生了前4个子品类：消炎药分解成体细胞分解基础分泌步骤，乙酸盐体细胞分解基础分泌步骤和甲酸盐体细胞分解基础分泌步骤;而在CC品类中，受损体细胞外区、突触pp体、突触结构设计是前4个亚类。这对MF品类，甲酸脱氢酶（NAD）生物、阳极氧化呈现酶生物和酸氨（或酰胺）对接酶生物是前4个亚品类（图1B）。在DEGs的KEGG通道具体剖析中，前30条丰度度高达的通道含有27条类属体细胞分解基础分泌，在这表中甲烷气体体细胞分解基础分泌、乙醛酸盐和二羧酸盐体细胞分解基础分泌、丙酸盐体细胞分解基础分泌信号灯通道取得丰度（图1D）。

图1|转录酚类化合物析和模块区分

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

可以在对无柄灵芝粉真菌感染菌丝体做出高球高血清酶组学酶联免疫法介绍，共要选定了16,457种特色肽、2606种高球高血清酶和2588种酶联免疫法高球高血清酶。在域值|FC|>1.2和p<0.05的筛分水平下，在2606种高球高血清酶中，94种被监定为区别表示高球血清酶（DEPs），进来52种上浮，42种变动（图2A），图2C信息提示了区别表示高球血清酶的聚类介绍法酶联免疫法介绍热图。从GO酶联免疫法介绍看看，BP等级分类信息提示，太普遍DEPs参于醋酸钠盐排泄的方式中、抗菌素分离排泄的方式中和中成药分离排泄的方式中。CC类DEPs在上皮内部系外区、过阳极非金属氧化的物酶体和微体中比率较高，阳极氧化的恢复酶可溶性和甲酸脱氢酶（NAD）可溶性在MF类中DEPs的的比例较高（图2B）。与转录组结果凸显相拟，KEGG径路酶联免疫法介绍信息提示，大量DEPs在排泄中丰度，进来3条最丰度的经由是光合菌物中的碳不变、碳排泄和MAPK警报径路（图2D）。除此以外，可以在酶联免疫法介绍GO数据深入分析库的CC对DEPs做出亚上皮内部系定位系统酶联免疫法介绍和参考文献标注（图2E），DEPs其关键规划在上皮内部系质（40.66%）、上皮内部系膜（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），原理上是GAs菌物生成的其关键位址。

图2|蛋清质组的降钙素原检测概述和实用功能确认

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

为业物转成和比对组侯选人DEGs和DEPs设计制作了维恩图，有20个对比表述人类表观遗传（图3A）。对转录组和蛋清质组中E组和C组总共的DEGs/DEPs做出聚类介绍介绍，挖掘mRNA和蛋清质左右有15-7个调整人类表观遗传和5-7个调整人类表观遗传，DEGs两者翻譯的DEPs表述的水平呈正相应的联的，依据Pearson的相应的联的数值介绍，在转录组和蛋清质组左右检查到相对的较高的相应的联的性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）检测工具数据提示，E组和C组1二个DEGs的形容情况差别的相关性，但其中9个为上浮DEGs，二个为再降DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的形容浪潮与转录成分析数据不同。

图3|核蛋白质含量组的定量分析一下分析一下和功能性确认

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

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