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首页 > 拜谱生物 > 干货分享 > Nature Plants(IF=15.8)| SUMO遮盖核苷酸质组新措施指出!勾勒新型SUMO化核苷酸质组数据分析库!

Nature Plants(IF=15.8)| SUMO修饰蛋白质组新方法提出!构建全新SUMO化蛋白质组数据库!

发布时间:2024-09-25
SUMO化淡化有的是种比较重要的翻泽后淡化,SUMO原子经过在E1滋养酶、E2配合起来酶和E3联接酶的参与进来下共价配合起来又物血清赖氨酸残基上,在调整作物生長、营养健康表现肌肉收缩和胁迫反应迟钝中起着比较重要功用。SUMO化血清和SUMO淡化进程中 中涉及酶的受损一定会造成的作物生長无效还意外死亡,这呈现SUMO化淡化在调结作物生長胸部发育进程中 中起着体系化功用。伴随当下在作物中被判定出的SUMO化血清人数较少,然后SUMO 化在作物中的丰度较低且情况性较高,由此判定SUMO化血清和 SUMO化位点是格外享有试练性的。

2024年9月18日,南方科技大学的王鹏程专家教授(拜谱菌物合作项目学科家)及其研究团队在Nature Plants上发表了题为“Highly sensitive site-specific SUMOylation proteomics in Arabidopsis”的研究论文。该论文通过向拟南芥sumo1 sumo2突变体中插入赖氨酸缺失的SUMO1基因(K0-SUMO1),以形成一种两步来完成赖氨酸受损SUMO含有的办法,搭建了不一样的树木SUMO化膳食纤维质组数据报告库,为进一步探索SUMO化如何调节蛋白质功能提供了宝贵资源。

国外英文试题:Highly sensitive site-specific SUMOylation proteomics in Arabidopsis

繁体中文题型:拟南芥中高度敏感的位点特异性SUMO化蛋白质组学

公布刊物:Nature Plants

后果系数:15.8

调查难点

图1探析基本思路图

设计结果显示

01、拟南芥K0-SUMO1蛋白酶质酚类化合物析

先前的研究表明sumo1-1、sumo2-1双突变体是没有办法正常发育的,因此作者先将K0-SUMO1基因片段导入sumo1-1、sumo2-1双突变体中,发现植物生长基本正常,并且通过Western Blot实验观察到K0-SUMO1植物中的蛋白可能具有功能性。因此,小说作家进十步确认提升的二步亲和丰度方式来质谱进行分析,共鉴定到2000+个独特的SUMO化位点、1300个SUMO化蛋白,其中拟南芥SUMO化位点的位置更加多样化,会发生在不同的基序上,与其他真核生物不同。SUMO化蛋白质组的GO功能分析发现检测到的蛋白质主要在不同的核过程发挥作用,包括基因沉默、基因调控以及DNA修饰和修复。

图2 SUMO化掩盖蛋白酶质组(图源:Sang T et al., Nat Plants, 2024)

02、SUMO化呈现蛋白质和位点的验正

为了能查验内在的的SUMO1蛋清,本研究通过原核表达系统获得重组SUMO化蛋白,并采取了身体之外调查。作者随机选择了九个候选蛋白,通过免疫印迹法发现在SUMO1蛋白存在的情况下,这些候选蛋白都可以发生SUMO化。随后使用野生型和位点突变的重组SUMO1蛋白进行了体外SUMO化实验,以手机验证SUMO化突显位点,实验结果表明多个鉴定到的底物位点在体外仍可以发生SUMO化修饰。综上所述,SUMO化位点的定点突变和体外SUMO化实验进一步验证了组学方法鉴定结果的准确性。

图3 SUMO化蛋白质和位点的离体验正(图源:Sang T et al., Nat Plants, 2024)

03、热解锁蛋白质含量质组的降钙素原检测比

前面的实验结果发现在高温胁迫的拟南芥幼苗中鉴定出了1300个SUMO化蛋白。为了进一步评估SUMO化修饰如何调节蛋白质功能,本研究通过TMT营养素质组学比较了热应激前后潜在SUMO化蛋白丰度变化。结果发现在30分钟热应激后,有1,666个和429个蛋白质分别显示出明显上调和下调。在SUMO化的底物中,共鉴定出435个蛋白质,其中有128个蛋白质上调,16个蛋白质下调。因此,这些结果表明SUMO化修饰可能与目标蛋白质的稳定性增加相关。

图4 来源于TMT的定量分析蛋清质组学(图源:Sang T et al., Nat Plants, 2024)

拜谱总结ppt

本研究从蛋白酶质组的分析角度提供了关于SUMO化作用的生物学功能和位点特异性的信息。通过将赖氨酸缺失突变体SOMO1(K0-SUMO1)引入转基因拟南芥,以确立某种流畅度挺高的SUMO化蛋白酶纯化和质谱监测的方法。这种方法从热处理的KO-SUMO1幼苗的1300个SUMO1蛋白中鉴定出超过2200个SUMO1化位点,并通过体外实验验证了方法的准确性,显著地加深了我们对植物SUMO1的理解。热捕获血清参考值更表明SUMO化修饰增强了SUMO1受体的稳定性。总之,本研究为SUMO化修饰的检测提供了新的方法,为探索SUMO化蛋白功能奠定了重要基础。拜谱生物作为一家国内领先的多组学服务公司,可提供蛋白组、修饰组、代谢组、转录组、时空组等组学产品,SUMO化掩盖蛋清质组为贵司独特的掩盖物品,主要采用提高效率的丰度技艺、一流的Astral检测设备可实现了SUMO化蛋清和位点的高产品量检测出。此外,王鹏程副教授用作拜谱权威医疗团队组员,在车辆科研开发历程中为我厂保证专门最好是和具体指导,以更好的产品回馈大家,欢迎大家咨询!

借鉴文章:Sang T, Xu Y, Qin G, et al. Highly sensitive site-specific SUMOylation proteomics in Arabidopsis. Nat Plants. 2024;10(9):1330-1342. doi: 10.1038/s41477-024-01783-z.

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